Der Beirat ist das Leitungsgremium des Gesprächsforums. Er setzt sich aus bedeutenden Persönlichkeiten aus Politik, Zivilgesellschaft, Wissenschaft und Wirtschaft zusammen, die sich aktiv für die deutsch-tschechischen Beziehungen einsetzen.

Die Außenminister der Tschechischen Republik und der Bundesrepublik Deutschlands ernennen 15 tschechische und 15 deutsche Mitglieder für eine Amtszeit von zwei Jahren. Der Rat tagt zweimal jährlich, abwechselnd in Tschechien und Deutschland.

An den Sitzungen nehmen die Vorsitzenden und alle Mitglieder des Beirates teil. Gemeinsam bewerten sie den aktuellen Stand der tschechisch-deutschen Beziehungen, schlagen neue Wege der Zusammenarbeit vor und wählen Themen für die Jahreskonferenz aus.

Tschechischer Vorsitzender des Rates ist Rudolf Jindrák, Botschafter der Tschechischen Republik in Bratislava. Deutscher Vorsitzender ist Jörg Nürnberger, ehemaliger Abgeordneter des Bundestages.

In den Jahren 1998–2004 fungierte der Beirat als sogenannter Koordinierungsrat mit 20 Mitgliedern aus jedem Land. Auch damals wurden die Mitglieder von beiden Regierungen jeweils für zwei Jahre ernannt.